Hoewel de Cityline Ultra veel pluspunten heeft, zijn er ook duidelijke nadelen en aandachtspunten. Het eerste is gewicht en formaat: met circa 10,5 kg en een metalen behuizing is de unit minder wendbaar dan lichtere plastic modellen. Verplaatsen van kamer naar kamer is wel mogelijk, maar niet zo moeiteloos als bij draagbare, lichte apparaten.
Een ander punt is het filteronderhoud en de terugkerende kosten. De HEPA- en CleanPro-filters hebben een beperkte levensduur (gemiddeld 6–8 maanden afhankelijk van gebruik en omgeving), wat betekent dat er regelmatig vervangingen nodig zijn. Hoewel de filterbeschikbaarheid tot minimaal vijf jaar is gegarandeerd, kunnen de kosten over meerdere jaren oplopen, zeker als je de unit constant in een vervuilde omgeving draait.
De aanwezigheid van een ionisator/negatieve ionenfunctie verdient ook nuances. Hoewel negatieve ionen sommige deeltjes kunnen doen neerslaan, produceren ionisatoren soms bijproducten zoals ozon. De fabrikant vermeldt de ionenproductie (10×10^6 negatieve ionen), maar er is geen duidelijke informatie in de documentatie over gemeten ozonwaarden. Gebruikers met luchtweggevoeligheid of scholen en zorginstellingen willen hier vooraf zekerheid over hebben of de ionisator uitschakelbaar is.
Tenslotte is het geluidsniveau op maximale stand relatief hoog met een opgegeven 62 dBa. In drukke of grote ruimtes is dat acceptabel, maar in slaapkamers of stille kantoren kan de hoogste stand storend zijn. De nachtstand lost dit grotendeels op, maar als je voortdurend de maximale capaciteit nodig hebt, moet je rekening houden met dat geluidsniveau.