Hoewel de Webber AP8600 filterset veel voordelen heeft, zijn er ook enkele beperkingen en nadelen die niet onopgemerkt mogen blijven. Ten eerste is de filter specifiek ontworpen voor het model AP8600, waardoor het niet bruikbaar is voor andere luchtreinigers. Dit beperkt de inzetbaarheid en vereist dat je over dit specifieke apparaat beschikt om te kunnen profiteren van het zestraps filtersysteem.
Daarnaast kan het geluidsniveau, dat varieert tussen de 40 en 62 decibel, voor sommige gebruikers storend zijn, vooral op de hogere instellingen. In een stille slaapomgeving kan dit als storend worden ervaren, hoewel dit ook afhankelijk is van persoonlijke voorkeur en akoestiek van de kamer. Verder is de levensduur van de filter, die tussen de 6 en 12 maanden ligt, afhankelijk van het gebruik en de luchtkwaliteit. In omgevingen met veel stof of rook kan de filter sneller vol raken, wat tot hogere kosten kan leiden door frequenter filtervervangingen.
Ook is het filterpakket relatief kostbaar, gezien de geavanceerde technologie die wordt gebruikt. Hoewel dit gerechtvaardigd kan zijn door de prestaties, kan het prijskaartje een drempel vormen voor mensen die op zoek zijn naar een betaalbare oplossing. Bovendien ontbreekt het pakket aan extra filters; er wordt slechts één filter meegeleverd, waardoor direct een nieuwe aankoop nodig is na het verstrijken van de aanbevolen gebruiksduur.
Tot slot, hoewel de ionisator veel voordelen biedt, geven sommige gebruikers aan dat ionisatoren bij intensief gebruik mogelijk stofdeeltjes op oppervlakken kunnen laten neerslaan, wat een schoonmaaknadeel kan zijn. Dit is echter sterk afhankelijk van de omgeving en het gebruik.